Factores genéticos: Hay cada día más evidencia científica que la genética juega un rol importante en la fertilidad del varón, en especial en desordenes espermogénicos y falla espermatogénica.

Se calcula que del total de varones que presentan infertilidad, el 30% se relacionan con azoospermia u oligoastenoteratoazospermia. De estos, casi el 50% son de causa no obstructiva. Del 13 al 205 de los problemas de azoospermia / oligospermia, se deben a alteraciones en el cromosoma Y, como translocaciones.

Puede además existir ausencia congénita del conducto deferente y las espermatogénesis defectuosa, puede deberse a una anormalidad cariotípica como el Síndrome de Klinefelter.

Factores ocupacionales: La exposición ocupacional a metales pesados como cadmio, plomo, cinc y arsénico han sido reportados como causas que alteran la formación de espermatozoides. Además, los efectos tóxicos de herbicidas y pesticidas específicos sobre la espermatogénesis son conocidos. También se ha asociado el fumar con las concentraciones bajas de espermatozoides.

Causas del medio ambiente: Se ha demostrado que la exposición al calor tiene un efecto adverso en la formación de espermatozoides, principalmente reduciendo la calidad del semen, aumentando las posibilidades de malformaciones congénitas e incrementando la incidencia del cáncer testicular.

Causas sistémicas y iatrogénicas: Trastornos médicos asociados con infertilidad masculina incluyen trastornos cromosómicos, mas descenso de los testículos, síndrome de Kartagner, fibrosis quística, deficiencia del receptor androgénico y enfermedad celiaca.

Enfermedades adquiridas también pueden tener efecto en la fertilidad masculina tales como:

Enfermedades endocrinas (tirotoxicosis, diabetes, falla hepática, falla renal, falla pituitaria),

Enfermedades Respiratorias (bronquiectasia, sinusitis, bronquitis)

Trastornos neurológicos (paraplegia, distrofia miotónica)